违反无线电管制命令和无线电管制指令的，由下列机构依法进行处罚：

根据我国《无线电管理条例》的相关规定，违反无线电管制命令和指令的，首先由国家或者省、自治区、直辖市的无线电管理机构依法进行没收设备等行政处罚。因此，各级无线电管理机构是法定的首要处罚主体。 同时法规明确指出，如果该违规行为严重到构成违反治安管理规定的程度，公安机关有权依法给予治安管理处罚。这属于多部门的协同执法，所以选项A和B共同构成了完整的处罚机构说明。 干扰选项中，业余无线电协会仅为社会团体，毫无行政执法和处罚权；而军区专门机构主要负责军事系统内的无线电管理，对社会公众及业余无线电爱好者的违法行为不具备直接处罚权。