擅自设置、使用无线电台（站）从事诈骗等违法活动，可以根据其具体情况给予下列处罚：

擅自设置、使用无线电台（站）从事诈骗等违法活动，属于性质极其恶劣的严重违规行为。根据现行无线电管理规定，对于此类行为，如果尚不构成刑事犯罪，将直接面临20万元以上50万元以下的巨额行政罚款，以此严厉打击利用无线电进行电诈的黑灰产业，因此选项A完全正确。 其他选项的适用情形和处罚力度均不符合题意。选项B中的“5万元以上20万元以下罚款”适用于普通的擅自设台且“拒不改正”的情形，并未涉及诈骗等恶劣违法活动。选项C和选项D中的“劝告拆除”、“作书面检查”或“一千元以下罚款”处罚力度极轻，属于纯粹拼凑的干扰项，严重低估了从事无线电诈骗应承担的法律后果。