违反无线电管制命令和无线电管制指令的，由下列机构依法进行处罚：

根据《中华人民共和国无线电管理条例》等相关法律法规，国家及省、自治区、直辖市的无线电管理机构是法定的无线电行政主管部门。对于违反无线电管制命令和指令的违法行为，理应由这些各级无线电管理机构依法实施行政处罚。 同时，如果违反管制命令的行为不仅违反了无线电管理规定，还严重到触犯了《中华人民共和国治安管理处罚法》（如阻碍执法、扰乱公共秩序等），公安机关作为治安管理的法定执法主体，有权对其依法进行治安处罚。因此，无线电管理机构与公安机关在各自职责范围内共同构成了处罚主体。 干扰选项中，当地业余无线电协会仅仅是民间社会团体，不具备任何国家行政执法和处罚权；而“所在军区”虽涉及国防安全，但面向社会公众的行政执法与处罚必须由地方政府法定的行政机关（即无线电管理部门或公安机关）来执行，军队不直接对地方民间违法者进行行政处罚。