我国专门针对业余无线电台的管理文件及其制定机构分别是：

目前我国专门针对业余无线电台管理的现行部门规章是《业余无线电台管理办法》。该文件为业余无线电爱好者的日常设台、操作等行为提供了最直接的法律依据。 该管理办法的制定和发布机构是国家无线电管理机构，即工业和信息化部（工信部），因此选项 A 和 C 是正确的。 干扰选项中，《业余无线电台管理暂行规定》是早期颁布且已被废止的历史文件，目前已不再适用。此外，虽然国务院参与颁布了宏观的《中华人民共和国无线电管理条例》，但本题问的是“专门针对业余无线电台”的文件，其制定机构应为工信部而非国务院。