违反无线电管制命令和无线电管制指令的，由下列机构依法进行处罚：

根据《中华人民共和国无线电管制规定》，对于违反无线电管制命令和指令的行为，法定处罚主体是国家无线电管理机构或者省、自治区、直辖市无线电管理机构，它们负责依法作出没收设备、罚款等行政处罚。 同时，如果违规行为情节严重从而违反了治安管理规定，则必须交由公安机关依法给予治安管理处罚；若构成犯罪的还会依法追究刑事责任。因此，无线电管理机构和公安机关协同构成了合法的处罚体系。 对于干扰选项，“当地业余无线电协会”仅为社会群众团体，毫无行政执法和处罚权；“所在军区派出的专门机构”虽参与军地协调，但对地方普通单位和个人的行政处罚需由地方政府相关职能部门执行，军方机构不直接对公众实施处罚。